これまでの歴史の中で機構を守り、大いなる使命によって任務を遂行するために数多くの特殊部隊が創設されてきました。軍事特殊部隊であれ、調査特殊部隊であれ、収容特殊部隊であれ、常に最善を尽くすことを求められます。特殊機動部隊（MST）は様々な分野や規模、全体的な役割が異なる特殊部隊です。特殊機動部隊の多くは創設しては時間の経過とともに廃止されましたが、いくつかの特殊機動部隊は機構の作戦保全における必要不可欠な強みとして評価されています。
特殊機動部隊全体の一覧を見るには、旧特殊機動部隊（MST）一覧を参照してください。
MST アルファ-1 ("エデンの御使い")
エデンの御使いとはスーパーソルジャーに対する機構の答えです。エデンの御使いは普通の兵士と比べると丈夫で素早く、そして全体的に優れているため、極めて危険な任務にのみ召集されます。彼らの少ない供給と高い需要を考慮すると、長期的な封じ込め作戦に参加するのは極めて稀です。
MST デルタ-1 ("キーパーズ")
世界が異常な世界が"持つ"禁断の力を掌握しないようにするため、キーパーズはそんな力を求める人々から隠すために確保します。機構の中で極めて極悪な機動部隊のうちの1つであると考えられており、キーパーズには機構のデータベース内で最も悪質で邪悪なアノマリーが含まれていると言われています。不死であれ、魔神のランプであろうとキーパーズは収容すべきものに追跡者からそれらを隠蔽します。
MST エコー-8 ("ペストドクター")
エコー-8は化学物質か放射性物質かを問わず、核燃料物質や生物などの人類が知る限り、最も場合でも常時に展開して戦い抜く準備が出来ています。各にはそれぞれ独特なスキルが備わっており、場所や地形に関係なく有害であれば、エコー-8はいつでもそこにいます。いかなる仲間も収容、鎮圧、攻撃、防御、そして生き残るだけでなく、機構のために戦う覚悟があります。
MST フォックストロット-4 ("捕食者")
財産回収に関してはフォックストロット-4が一番の候補でしょう。あらゆる環境下で作業できるように訓練されており、フォックストロット-4は紛失した異常性オブジェクトを回収することを専門に結成されました。フォックストロット-4は世界各地に部隊を展開されており、常時出動して迅速にターゲットを探し出す体制を整えています。
MST ホテル-1 ("高地連隊")
高地連隊は機構の標準的な特殊機動部隊の中で、期待を遥かに上回った代表的な例です。彼らは機構の中で迅速でかつ最も優秀なレスポンスチームであることを自ら証明してきました。それが起きたのが隣家であろうと、ヨーロッパの反対側であろうと、高地連隊が真っ先に扉を開けて、偵察と収容をするために先頭で現場へ向かいます。
MST ロメオ-7 ("理想の紳士達")
都市部作戦においてはロメオ-7が優れています。都市環境での活動できるように特殊訓練を受けたエージェントによって構成されており、潜入捜査や異常性オブジェクトの回収においては、ロメオ-7が第一候補として挙げられます。もし都市内で何か起きた際にはロメオ-7が先陣を切って駆けつけるでしょう。
MST シエラ-8 ("サンダウナーズ")
もし内部で汚職、殺人、密輸、密通がある、またはRPCの可能性があるものを追跡する場合、サンダウナーズは指令が受理され次第、直ちに捜査を行います。世界中から集まった一流の探偵達によって構成されているため、サンダウナーズは地球上において最も優秀な探偵団かもしれません。
MST タンゴ-12 ("千里眼")
国内外を問わず中央政府の諜報機関に配属された工作員で構成されており、機構における要注意団体や個人に対しての監視と秘密工作を専門としています。秘密作戦、諜報活動、一般的な財産回収などをはじめ、タンゴ-12はどこからともなく高価値目標を即座に狙うことができます。
MST ユニフォーム-1 ("天眼通")
特に整合性の高低によって現実に亀裂が起きている場合、天眼通は救出、収容、調査、またはその他のどんな任務でも最適に成し遂げます。ユニフォーム-1の隊員は総じて、ACSや整合性理論における全ての周辺分野と関連事項の豊富な知識を有しています。
MST エックスレイ-6 ("処刑人")
情報統制の面で処刑人は機構にとって最高水準の実力を誇る部隊です。処刑人は機構の諜報機関から一部の優秀な隊員によって構成されており、機構が最大の武器の一つである情報を用います。諜報活動や尋問、または高価値目標の暗殺であろうと処刑人が対応します。